我国过于高企的物流费用，不仅直接推高了终端物价，而且变相提高了我国经济的运行成本。以我国最近两年的物流费用为例，２０１０年为７．１万亿元，２０１１年同比增长１８．５％高达８．４万亿元，占到我国同期ＧＤＰ比重均接近１８％的高位。
值得注意，同期大多数发达国家的物流费用占比ＧＤＰ尚不到１０％，比我国足足少了一倍。而且，极为荒谬的是，我国近两年高企的物流费用，还是在国家三番五次旨在控制物流费用的政策发布下进行的。这种背道而驰结果的形成，其根源在于地方保护主义在作怪。
比如，经过多年谈判博弈的取消二级公路收费站，自２００９年初就正式施行，但直到现在，全国仍有逾千家二级公路还在收费，仅福建一省就有１２０个二级公路收费站仍在收费。二级公路收费站至今难以完全取消，令人不解，因为当年国家对地方二级公路收费站的取消，是在充分平衡地方财政收支的基础上展开的：对于二级公路日常运输管理和公路桥梁建设养护费用，国家从每年新增成品油消费税中，逐年少量增加转移支付返还给地方政府，对于地方二级公路的债务偿还以及人员安置等支出，国家亦依据相关标准给予逐年补助。
地方保护主义导致物流费用的高企难下，还体现在我国路桥收费标准的节节攀升，专项审计报告显示，在被审计的１８个省市中，收费站点达４３２８个，平均每个省市２４０个。２０１０年，１９家路桥上市公司毛利率高达５９％，成为最暴利的行业之一。
地方保护主义有时还通过故意不作为，变相推高物流费用。比如，在城市中设立一些专门的货车停靠点、以及在不同时段相对扩大货运通过证的发放，本是简单极易操作之事。但是，部分地方政府却故意不作为，从而导致迫使物流企业不得不无奈违规，地方政府以此获取大量的罚款收入。
还有，虽然国家对物流企业申办物流中心或中转库，给予了诸多优惠政策，但是物流企业在实际申办过程中，相当部分地方政府却不予配合，因为一者物流企业与制造业企业相比，无法给地方政府提供高额税收；二者将土地用作物流中心或中转库与拍卖给房地产商开发房地产，其土地转让收入有天壤之别。
